Le jeu permet de diriger huit civilisations telles que les Espagnols, les Francais, les Portugais, les Hollandais, les Allemands, les Russes, les Ottomans et les Britanniques. Chaque civilisation a son point fort. Exemple, les Britanniques ont une unité militaire spéciale, la "Roquette", que les autres civilisations ne possèdent pas.
Il est possible de s'allier aux Amérindiens en construisant des comptoirs pres des villages indiens, les comptoirs permettent d'entrainer des unités terrestres, des canoes (dans le port) et de développer des technologies propres aux indiens. Ainsi 12 tribus sont présentes : les Aztèques (guerrier jaguar , guerrier aigle), les Caraïbes (guerrier à sarbacane , guerrier embusqué), les Cherokees (fusilier cherokee), les Comanches (archer à cheval), les Crees (pisteur cree, coureur des bois cree), les Incas (huaminca, guerrier à bolas), Les Iroquois (lanceur de tomahawk, mantelet), les Lakotas (cavalier à la hache, soldat chien), les Mayas (lanceur holcan, guérisseur), les Nootkas (guerrier à gourdin, chef de guerre loyal), les Séminoles (archer dent de requin) et les Tupis (archer bois noir, couguar apprivoisé).
Il y a aussi possibilité de construire des comptoirs sur une route commerciale et d'avoir ainsi un revenu tres régulier a condition de le garder (bois, nourriture, or, ou expérience) ; on peut améliorer une route deux fois (travois, diligence, chemin de fer), ceci afin de recevoir les revenus plus régulierement et plus vite.
Dans Age of Empires III il y'a l'apparition de la métropole. En proposant un moyen d'obtenir de grandes quantités de ressources ou d'unités militaires au cours de la partie. Dans Age of Empires III le joueur est plus libre et peut s'adapter tout au long de la partie. La métropole occupe une place très importante, car elle peut envoyer des renforts grace aux niveaux d'expérience.
Le système de jeu de cartes choisi (a la métropole, en échange d'expérience) en début permet au joueur de choisir les bonus, ressources et unités militaires auxquelles il aura droit au cours de la partie.
L'explorateur est une des unités les plus importantes, on l'a en début de partie et il dispose d'un tir spécial qui permet de tuer les gardiens de trésor, il s'améliore en changeant d'ère, en récupérant certains trésors, par certaines cartes et technologies.
Les cartes sont remplies de trésors défendus par des gardiens (animaux sauvages, pirates, bandits, indigènes) qu'il faut tuer pour pouvoir récupérer le butin (avec l'explorateur ou un colon). Les trésors apportent des ressources, de l'expérience, des unités, ou améliorent l'explorateur.